On pourrait ranger Aphex Twin dans les catégories « Ambient », « Electronica », « IDM (Intelligent Dance Music) ou Braindance », « Intelligent techno », voire « Jungle », « Drill'n'Bass », « Breakcore » ou même « Noise » (« Bruit »). Elles conviendraient toutes mais, à chaque nouvelle sortie, le son créé par Richard se déchire et se réinvente de telle manière qu'il surprend à la fois la presse et le public. Il y a quelques similarités à travers tout son travail mais chaque morceau a sa propre vie.
On retrouve de façon récurrente dans les compositions d'Aphex Twin l'utilisation de la ritournelle, une mélodie simple, enfantine qui est fragmentée. Elles sont souvent courtes et passées en boucle.
Un autre aspect caractéristique de sa musique est la manipulation de voix humaines, comme dans son maxi Ventolin dans lequel il utilise le rire de sa mère, ou bien encore dans son album Richard D. James Album dans lequel des voix d'enfants nomment une partie de leur corps (mon bras, ma jambe, etc.).
La marque de fabrique de ses dernières productions (Drukqs, Come to Daddy...) se tient dans la complexification du rythme avec un effet de micro-rythmes très rapides.
